Początki Kodokanu sięgają daty 5 czerwca 1882 r., lecz historia ta została napisana 30 lat później. Najuczciwsze będzie stwierdzenie, że Kodokan powstał w roku 1884. W okresie, gdy Kano mieszkał Kojimachi, Ue-Nibancho, dom jego przypominał dojo jujitsu, który składał się z dwudziestu tatami oraz z podwyższenia podzielonego na dwie części. Z jednej strony znajdowały się miejsca dla mistrzów, a z drugiej strony dla gości honorowych. W tym okresie judo nie było jeszcze doskonałe – najbardziej pod względem teoretycznym. W roku 1883 Kano odziedziczył dzięki Tsunetośhi Iikubo materiały instruktażowe szkoły Kito-ryu. Jeszcze w tym samym roku udało mu się zorganizować lekcje Ken-jutsu w Instytucie Ministerstwa Edukacji.
Kano studiował też rękopisy instruktażowe szkół: Kito-ryu, Tenshin-shinyo-ryu, Toda-ryu, Sekiguehi-ryu i Shibukawa-ryu. Wysiłki Kano w opracowaniu teorii i doskonaleniu praktyki przyniosły doskonałe efekty w roku 1884, kiedy udało mu się nadać jego nowej formie walki nazwę judo. Podczas konferencji, zorganizowanej przez niego w nowym dojo w Fujimicho, wyjaśnił po raz pierwszy:
„W naszym Kodokanie utworzyliśmy zupełnie nową sztukę, różną od innych starych szkół. Zachowaliśmy tylko kilka podstawowych elementów. Dlatego nazywamy tę sztukę Kodokan judo, a nie taką czy inną szkołą; każda szkoła (ryu) ma bowiem swój początek. Kodokan judo nie ma żadnego początku, jest czymś unikalnym w świecie. Jeżeli
w przyszłości jacyś członkowie Kodokanu zapragną stworzyć nową formę judo, będą musieli nazwać ją Kodokan-ryu, ponieważ będzie się ona wywodzić z Kodokanu".
Rzeczywiście można powiedzieć, że nikt nie zna dokładnie początków Kodokanu. Ani Tsunejiro Tomita, ani nawet Jigoro nigdzie nie podają ścisłej daty. Kano, kiedy zaczął tworzyć nowa formę jujitsu, nie wiedział, że tak bardzo się zaangażuje; nie przypuszczał także, że judo stanie się tak popularne nie tylko w Japonii, ale na całym świecie.
W swoich pamiętnikach Kano tak wspomina: „Moja radość była wielka, gdy po raz pierwszy ujrzałem mistrza jujitsu, a następnie ucznia i w końcu nauczyciela judo. Bardzo niewielu było tych, którzy poświęcili się studiowaniu jujitsu, a potem judo od początku swoich ćwiczeń. Jednym z tych niewielu ludzi był Yamaoka".
Mimo to Tekki Ogura, bliski znajomy i uczeń Tesshu YamaAi, komentując ten fragment wspomnień Kano, mówi: „Tak, Yamaoka ćwiczył judo, lecz bez wątpienia jeszcze nie rozumiał idei judo, gdyż nigdy nie zademonstrował tej sztuki publicznie".
Po trzydziestu latach Kano poprosił Kendo Yokojame o napisanie „Historii rozwoju Kodokanu”, ale już na samym początku zaistniał problem jak datować oficjalne powstanie Kodokanu. Tomita twierdził, że powinien być to luty 1882 r., od kiedy
zamieszkali razem z Kano w świątyni Eishoji i rozpoczęli pierwsze ćwiczenia. W tym roku także powstała „Księga życzeń” i wszyscy członkowie Instytutu Kano zostali w niej ujęci: dziesięciu w roku 1882, a ośmiu w następnym.
Faktycznie można było uznać ten rok za powstanie Kodokanu, ale lepiej będzie posłużyć się datą dwa lata późniejszą – 1884 r., gdyż od tego roku Kano używa nazwy judo, a nie jujitsu.
W świątyni Eishoji godziny treningów nie były ściśle określone. Kiedy Kano wracał wieczorem z pracy z Gakushuin, rzucał książki i nakładał swoje keikogi,
a następnie poświęcał się swoim ćwiczeniom. Jeśli ktoś go wtedy odwiedzał, na keikogi zakładał haori. Ćwiczył, gdy tylko czuł się na siłach, niezależnie czy w dzień, czy w nocy.
W każdą niedzielę Kano miał cztery lub pięć treningów trwających do godziny 23.00, a czasem nawet do północy. Drugim nauczycielem, z którym Kano często ćwiczył i toczył walki, był Tsunetoshi Iikubo. Tsunetoshi był większy i cięższy od Kano, ale Kano świetnie potrafił mu się przeciwstawić. Tsunetoshi, dzięki swojej znakomitej technice, zawsze znalazł słaby punkt u Kano i w elegancki sposób rzucał go, podziwiany przez Tsunejiro Tomitę i Shiro Saigo.
W styczniu 1883 roku Jigoro Kano wraz ze swoimi najbliższymi uczniami przeprowadził się ze świątyni Eishoji do domu Yoshio Tanaki. Znajdował się on w miejscu, gdzie stoi obecnie budynek uniwersytetu Senshu. Przeprowadzka była spowodowana tym, że Kano podjął dodatkową pracę w Instytucie Kobunkan (prócz Gakushuin). Odległości od Gakushuin, jak i również od Eishoji były duże, więc z tego powodu musieli opuścić świątynię Eishoji. W Kobunkan Kano był nauczycielem ekonomii politycznej i psychologii. Ponieważ dom Yoshio Tanaki był za mały na otwarcie dojo, Kano zdecydował się na wykorzystanie w tym celu starej szopy. Była ona prawie tak samo wielka jak pomieszczenie w Eishoji. Jednak stara szopa była zimna w zimie oraz bardzo duszna w lecie. Dodatkowo podłoga była twarda, ale jeszcze bardziej ćwiczenia utrudniały drewniane filary, stojące pośrodku szopy. Tsunetoshi Likubo niezbyt często przychodził do nowego dojo. Kano też trenował rzadziej niż wcześniej. Było to spowodowane tym, że praca w Instytucje Kobunkan wymagała większych nakładów. Gdy zbliżał się czas ćwiczeń, Tsunejiro Tomita i Shiro Saigo szli do szopy, często zaczynali trening sami, gdy Jigoro nie mógł przyjść. Treningi odbywały się od godziny 15.00 do wieczora, zaś w niedziele od 7.00 do 12.00.
Pewnej niedzieli Shiro Saigo spóźnił się i zobaczył Kano siedzącego pośrodku dojo.
„Jeżeli ktoś przyjdzie, aby się zapisać do naszego dojo” - powiedział Kano – „nikogo tu nie zastanie, bo jesteś nieobecny, a więc Saigo spróbuj przychodzić na czas!”.
Saigo zamarł, usłyszawszy tę uwagę i nigdy już się nie spóźniał.
We wrześniu 1883 roku Kano znowu przeniósł się do Kojimachi Ue-Nibancho i ponownie zamieszkał wspólnie ze swymi uczniami. W domu był ogród, pośrodku którego stała niewielka świątynia shinto. Właścicielem posesji był niejaki Kamiyo. Najpierw korzystano z maleńkiego pokoju (osiem tatami), później dzięki uprzejmości właściciela zbudowano w ogrodzie dojo o dwunastu tatami. Typowa tatami ma wymiary 188 cm na 94 cm, a gruba jest na 6 cm. Nowa tatami, mimo że mała, miała bardzo wysoką jakość. W dojo znajdowało się też podwyższenie - dla mistrza i gości - oraz shoji w jednym końcu.
Na początku 1884 roku „Księga życzeń" została zatwierdzona. Tych, którzy byli uczniami Kano od 1882 roku, poproszono o złożenie podpisów. Jako pierwszy
podpisał się, będący najstarszym uczniem, Tsunejiro Tomita, a po nim Seiko Higuchi.
Przyrzeczenie brzmiało następująco:
1. Stałem się uczniem judo. Przyrzekam nie zaniechać ćwiczenia bez ważnego powodu.
2. Przyrzekam nie robić nic, co splamiłoby honor naszego dojo.
3. Przyrzekam nie ujawniać sekretów dojo bez pozwolenia mistrza.
4. Przyrzekam, że nie będę nauczał judo bez pozwolenia mistrza.
5. Przyrzekam przestrzegać przepisów dojo podczas nauki, a i później, gdy będę nauczał judo, nigdy nie złamię przepisów.
Każdy podpisał się pędzelkiem umoczonym we własnej krwi. Potem co roku organizowano w Kodokanie różne uroczystości: Kagami-biraki, tj. Dzień Nowego Roku, zawody czerwono-białych, miesięczne egzaminy i ceremonie promowania na wyższy stopień. Wówczas ćwiczących było jeszcze niewielu, więc zawody czerwono-białych kończyły się w ciągu dwóch godzin. Obecnie potrzeba na to ponad dziesięciu godzin, a nieraz i więcej. Dzień, w którym powstała ta księga, był wielkim wydarzeniem dla Kodokanu. Od tamtego dnia Nihonden Kodokan Judo stało się powszechnie znane. Tego samego dnia Shiro Saigo i Tsunejiro Tomita otrzymali dyplomy uzyskania stopnia l dan. To oni pierwsi zdobyli czarne pasy w Kodokanie. Mniej więcej w tym samym czasie uczniami Kodokanu zostali - znani później jako wybitni nauczyciele judo - Śakujiro Yokoyama i Yoshiaki Yamashita.
Współczesne dojo (Kasugacho dojo) Kodokan to duży przestronny siedmiopiętrowy budynek w parku Kurakuen w Tokio w którym główna sala z tatami ma powierzchnię ponad 840 m2. Ponad 900 widzów może tam obserwować treningi i zawody na trybunach znajdujących się na wyższym poziomie. W budynku Kodokan, który oddano do użytku 25 marca 1958 roku, znajduje się jeszcze
5 mniejszych sal treningowych (z całą infrastrukturą) o łącznej powierzchni 2000 m2 tatami. Mieszczą się tam także: muzeum, biblioteka, biura (m.in. Międzynarodowej Federacji Judo, Azjatyckiej Federacji Judo
i Japońskiej Federacji Judo), pokoje gościnne, sklepy, bank, sale konferencyjne, parking itd.
Jednak Kodokan to nie budynek – to stowarzyszenie dbające o rozwój judo na całym świecie. Jest to prawdziwy kombinat, otrzymujący dotacje od przedsiębiorstw, koncernów i spółek handlowych oraz innych sponsorów. Przeznaczane są one na rozwój judo na całym świecie. Codziennie we wszystkich salach ćwiczy w Kodokan – pod okiem wielu doświadczonych instruktorów – około 700 judoków. Kodokan wysyła również trenerów do różnych krajów świata. Nauczają oni tam judo niekiedy przez wiele lat. W rejestrach Kodokan zapisanych jest około 1 300 000 osób ćwiczących judo, z czego prawie 600 000 to yudansha (posiadacz stopnia 1. dana). Pomimo całej komercjalizacji i nowoczesności w Kodokan obowiązuje tradycyjny ceremoniał, często sięgający czasów Jigoro Kano: